Навчальний процес в університеті планується і координується навчальним відділом, який здійснює контроль за якістю та ефективністю навчального процесу, планує та контролює підвищення кваліфікації викладачів, веде облік і звітність з питань навчально-методичної роботи.

Навчальний відділ безпосередньо підпорядковується ректору і проректору з науково-педагогічної роботи.

Навчальному відділу підпорядковані:

- навчально-методичний кабінет,

- медичний деканат,

- стоматологічний деканат,

- фармацевтичний деканат,

- деканат іноземних студентів,

- Навчально-науковий інститут післядипломної освіти.